Szkoła Podstawowa nr 21 jest jednostką budżetową.
Jednostki budżetowe pokrywają swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadzają do budżetu jednostki samorządu terytorialnego.
Budżet przyznawany jest jednostkom na podstawie Uchwały Rady Miast Krakowa w styczniu każdego roku w postaci planu finansowego dochodów, wydatków jednostki budżetowej, który podzielony jest na rozdziały oraz paragrafy dotyczące poszczególnych wydatków i dochodów budżetowych.
Szkoła obsługiwana jest przez MCCO - Kraków ul. Ułanów 9.