Dom Pomocy Społecznej w Krakowie jest samodzielną jednostką organizacyjną, działającą jako wyodrębniona jednostka budżetowa Gminy Miejskiej Kraków. DPS w trakcie roku budżetowego funkcjonuje w oparciu o roczny plan dochodów i wydatków, który zawarty jest w uchwale Rady Miasta Krakowa w sprawie budżetu Miasta Krakowa.
Za realizację poszczególnych przedsięwzięć, sporządzenie i dekretowanie dokumentów płatniczych, stanowiących podstawę dokonywanych księgowań, przygotowanie okresowych sprawozdań i informacji dotyczących stanu ich realizacji, odpowiedzialne są komórki merytoryczne DPS.