Muzeum PRL-u (w organizacji) jest samorządową instytucją kultury i działa w szczególności na podstawie:

1) ustawa z dnia 27 lipca 2012r. o muzeach (tekst jednolity)

2) ustawa z dnia 26 marca 2012 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej (tekst jednolity)

3) ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych

4) statutu

5) zarządzenie prezydenta Krakowa nr 691 w sprawie powołania Rady Muzeum PRL-u

Muzeum PRL-u (w organizacji) z dniem 1.01.2013 r. zostało wpisane do rejestru instytucji kultury prowadzonego przez organizatora Gminę Miejską Kraków pod numerem 37 i posiada osobowość prawną, zgodnie z art. 14 ustawy z dnia 25 października 1991 r. o organizowaniu i prowadzeniu działalności kulturalnej (Dz. U. poz. 406 z 2012 r. Bezpośredni nadzór na funkcjonowaniem Muzeum pełni Gmina, a Minister – w zakresie wynikającym z obowiązujących przepisów, umowy, w sprawie prowadzenia, jako wspólne instytucji kultury pn. Muzeum PRL-u ( w organizacji) zawartej w dniu 16.10.2013  roku pomiędzy Ministrem Kultury i Dziedzictwa Narodowego Panem Bogdanem Zdrojewskim, a Gminą Miejska Kraków.