Szkoła Podstawowa nr 97 w Krakowie jest jednostką budżetową. Budżet przyznawany jest jednostkom na podstawie Uchwały Rady Miasta Krakowa w styczniu każdego roku.
Obsługą finansów placówki zajmuje się Miejskie Centrum Obsługi Oświaty z siedzibą przy ul. Ułanów 9, 31-450 Kraków, strona internetowa: www.mcoo.krakow.pl
Do głównych zadań MCOO należy prowadzenie obsługi administracyjnej, finansowo - księgowej oraz organizacyjnej na rzecz krakowskich jednostek oświatowych oraz realizacja innych zadań np. organizowanie przetargów i realizacja remontów oraz inwestycji związanych z oświatą w Gminie Miejskiej Kraków.