Muzeum powstało w wyniku połączenia z dniem 1 marca 2019 r. dwóch instytucji kultury, tj. Muzeum Historycznego Miasta Krakowa oraz Muzeum PRL-u (w organizacji), dla których Organizatorem była Gmina Miejska Kraków.(Dziennik Urzędowy Województwa Małopolskiego - 2 - poz. 7771). Muzeum jest kontynuatorem Muzeum Historycznego Miasta Krakowa powołanego uchwałą Rady Miasta Krakowa w dniu 31.05.1899 r. Muzeum jest wpisane do Rejestru Instytucji Kultury prowadzonego przez Gminę Miejską Kraków i posiada osobowość prawną. Muzeum jest wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów prowadzonego przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.