Do zakresu działania Referatu Kontroli Organizacyjno-Prawnej (KE-02) należy:
1) opracowywanie rocznych planów kontroli, w porozumieniu z Referatem Kontroli Finansowej;
2) kontrola wydziałów Urzędu Miasta Krakowa w rozumieniu Regulaminu Organizacyjnego UMK, miejskich jednostek organizacyjnych, podmiotów posiadających osobowość prawną, w których Gmina Miejska Kraków posiada co najmniej 50% udziałów/akcji, a także innych podmiotów, które wydatkują środki publiczne przekazywane im przez Gminę Miejską Kraków;
3) nadzór nad realizacją przez kontrolowaną jednostkę zaleceń pokontrolnych, a w uzasadnionych przypadkach przeprowadzanie kontroli sprawdzających realizację zaleceń pokontrolnych;
4) opracowywanie projektów zawiadomień do Rzecznika Dyscypliny Finansów Publicznych przy Regionalnej Izbie Obrachunkowej w sprawach o naruszenie dyscypliny finansów publicznych w przypadkach stwierdzenia naruszenia dyscypliny finansów publicznych w kontrolowanych podmiotach;
5) opracowywanie projektów wniosków i zawiadomień do organów ścigania w przypadku, gdy wyniki kontroli uzasadniają podejrzenie popełnienia przestępstwa;
6) wykonywanie innych zadań zleconych przez Prezydenta Miasta Krakowa.