Z dniem 1 stycznia 2007 r., w związku z wejściem w życie ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej, uległy zmianie przepisy dotyczące opłaty skarbowej. Najistotniejsze zmiany to:
1) zniesienie obowiązku uiszczania opłaty skarbowej od podań i załączników do podań;
2) zlikwidowanie znaków opłaty skarbowej;
Aktualnie zapłaty opłaty skarbowej dokonuje się na rachunek bankowy Urzędu Miasta Krakowa 4910 2028 9222 7630 0500 000 000 lub bez ponoszenia dodatkowych opłat w placówkach Banku Pekao S.A. na terenie Krakowa i kasach Urzędu Miasta Krakowa.
3) zmiana wykazu przedmiotów opłaty skarbowej wraz ze zmianą stawek tej opłaty oraz zwolnień; np.: złożenie dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa oraz jego odpis, wypis lub kopia – od każdego stosunku pełnomocnictwa 17 zł, wydanie zaświadczenia 17 zł; wydanie pozwolenia na użytkowanie obiektu budowlanego 25 % stawek określonych w części III ust. 9 pkt 1 załącznika do ustawy; poświadczenie zgodności wypisu dokonane przez organy administracji publicznej od każdej pełnej lub zaczętej stronicy 5 zł;
4) obowiązek zapłaty opłaty skarbowej powstaje z chwilą dokonania zgłoszenia lub złożenia wniosku o dokonanie czynności urzędowej, złożenia wniosku o wydanie pozwolenia / zaświadczenia lub z chwilą złożenia dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa, jego odpisu, wypisu lub kopii, dlatego składający wniosek / dokument lub dokonujący zgłoszenia jest zobowiązany załączyć dowód zapłaty należnej opłaty skarbowej. Dowód zapłaty (np. potwierdzenie przelewu za pośrednictwem internetu) powinien precyzyjnie opisywać czego dotyczy opłata skarbowa.