Organem prowadzącym Szkołę Podstawową nr 88 w Krakowie jest Gmina Miejska Kraków.
Siedziba organu prowadzącego mieści się pod adresem: Plac Wszystkich Świętych 3-4, 31-004 Kraków.
Nadzór pedagogiczny nad Szkołą Podstawową nr 88 sprawuje Małopolski Kurator Oświaty.
Organami Szkoły Podstawowej nr 88 w Krakowie są:
1) Dyrektor Szkoły Podstawowej nr 88;
2) Rada Pedagogiczna Szkoły Podstawowej nr 88;
3) Rada Rodziców Szkoły Podstawowej nr 88;
4) Samorząd Uczniowski Szkoły Podstawowej nr 88.
Liczba oddziałów szkoły podstawowej w roku szkolnym 2024/2025:
1 klasy - 2
2 klasy - 2
3 klasy - 2
4 klasy - 2
5 klasy - 2
6 klasy - 2
7 klasy - 3
8 klasy - 2