Organem prowadzącym Szkoły Podstawowej nr 91 w Krakowie jest Gmina Miejska Kraków.
Siedziba organu prowadzącego mieści się pod adresem: Plac Wszystkich Świętych 3-4, 31-004 Kraków.
Nadzór pedagogiczny nad Szkołą Podstawową nr 91 sprawuje Małopolski Kurator Oświaty.
Organami Szkoły Podstawowej nr 91 w Krakowie są:
1) Dyrektor Szkoły Podstawowej;
2) Rada Pedagogiczna Szkoły Podstawowej;
3) Rada Rodziców Szkoły Podstawowej;
4) Samorząd Uczniowski Szkoły Podstawowej.