Organem prowadzącym Szkołę Podstawową nr 48 w Krakowie im. Szarych Szeregów jest Gmina Miejska Kraków.
Siedziba organu prowadzącego mieści się pod adresem: Plac Wszystkich Świętych 3-4, 31-004 Kraków.
Nadzór pedagogiczny nad Szkołą sprawuje Małopolski Kurator Oświaty.
Organami Szkoły są:
1) Dyrektor i wicedyrektor Szkoły;
2) Rada Pedagogiczna Szkoły;
3) Rada Rodziców Szkoły Podstawowej;
4) Samorząd Uczniowski Szkoły Podstawowej.
Struktura organizacyjna 2022/2023
Struktura organizacyjna 2023/2024