Rzeka Wisła i jej ważniejsze dopływy: Rudawa, Prądnik-Białucha, Dłubnia i Wilga uchodząc do Wisły, tworzą na terenie Krakowa rodzaj węzła hydrograficznego. Wymienione cieki biorą swój początek poza obszarem miasta, a ponieważ odwadniają tereny różnych jednostek fizjograficznych, charakteryzują się różnym reżimem. Na reżim wodny Wisły na obszarze miasta wpływają dwa zbiorniki retencyjne: zbiornik w Goczałkowicach oraz zespół zbiorników na Sole, zwany kaskadą Soły. Z punktu widzenia ochrony Krakowa przed powodzią ważne są również mniejsze rzeki i potoki uchodzące do Wisły w Krakowie takie jak Serafa, Drwinka, Rozrywka, Sudoł, Potok Kościelnicki i Kostrzecki oraz sieć całkiem małych rowów zaliczanych do tzw. melioracji szczegółowych i kanałów tworzących system odwodnienia terenu.