Stowarzyszenie Metropolia Krakowska jest organizacją zrzeszającą jednostki samorządu terytorialnego i tworzy zinstytucjonalizowaną płaszczyznę współpracy dla 15 gmin: Gminy Miejska Kraków, Gminy Biskupice, Gminy Czernichów, Gminy Igołomia-Wawrzeńczyce, Gminy Kocmyrzów-Luborzyca, Gminy Liszki, Gminy Michałowice, Gminy Mogilany, Gminy Niepołomice, Gminy Skawina, Gminy Świątniki Górne, Gminy Wieliczka, Gminy Wielka Wieś, Gminy Zabierzów oraz Gminy Zielonki.
Stowarzyszenie pełni funkcję Związku ZIT. Zintegrowane Inwestycje Terytorialne (ZIT) to zupełnie nowe narzędzie zaproponowane przez Komisję Europejską wspierające rozwój terytorialny. Przy pomocy tego instrumentu partnerstwa jednostek samorządu terytorialnego - miast wojewódzkich i obszarów powiązanych z nimi funkcjonalnie - mogą realizować wspólne przedsięwzięcia, łączące działania finansowane z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego i Europejskiego Funduszu Społecznego. Planowana alokacja środków na wsparcie ZIT w Małopolsce to ok. 1 mld zł.
Zarząd Stowarzyszenia stanowi jednocześnie Zarząd Związku ZIT.
Składka członkowska za rok 2023 z tytułu przynależności Gminy Miejskiej Kraków do Stowarzyszenia Metropolia Krakowska wynosi 1 245 811 zł.