Organem prowadzącym Szkoły Podstawowej nr 56 w Krakowie jest Gmina Miejska Kraków.
Siedziba organu prowadzącego mieści się pod adresem: Plac Wszystkich Świętych 3-4, 31-004 Kraków.
Nadzór pedagogiczny nad Szkołą Podstawową nr 56 sprawuje Małopolski Kurator Oświaty.
Organami Szkoły są:
1) Dyrektor Szkoły;
2) Rada Pedagogiczna;
3) Rada Rodziców ;
4) Samorząd Uczniowski.