Sieć Natura 2000 jest jedną z form ochrony przyrody, służącą ochronie najcenniejszych europejskich ekosystemów oraz gatunków roślin, zwierząt i grzybów, przy poszanowaniu praw własności i praw lokalnych społeczności do zrównoważonego rozwoju.
W dniu 29 października 2009 roku Minister Środowiska przekazał Komisji Europejskiej projekt listy nowych specjalnych obszarów ochrony siedlisk sieci Natura 2000, na której znalazły się trzy obszary położone w całości lub w części w granicach administracyjnych Miasta Krakowa: Dębnicko-Tyniecki obszar łąkowy, Skawiński obszar łąkowy i Łąki Nowohuckie. Obszary te zostały przyjęte przez Komisję Europejską w dniu 10 stycznia 2011 roku.
Głównym celem ochrony są tutaj liczne populacje kilku gatunków modraszków zagrożonych wyginięciem w skali Europy. Siedliska tych motyli są jednocześnie ostoją wielu innych gatunków roślin i zwierząt chronionych, w tym także wyszczególnionych w załącznikach Dyrektywy Siedliskowej i Dyrektywy Ptasiej - aktów prawa Unii Europejskiej.
Największy z krakowskich obszarów naturowych - Dębnicko-Tyniecki obszar łąkowy (PLH120065) położony jest w południowo-zachodniej części Krakowa, na styku trzech jednostek geomorfologicznych: Pradoliny Wisły, izolowanych zrębów Bramy Krakowskiej i Wysoczyzny Krakowskiej. Składa się z kilku enklaw o łącznej powierzchni 282,86 ha, obejmujących najlepiej wykształcone i zachowane płaty łąk trzęślicowych i świeżych oraz fragmenty muraw kserotermicznych wykształconych w nasłonecznionych miejscach, w powiązaniu z widocznymi na powierzchni skałami jurajskimi.
Obszar chroni przede wszystkim wyróżniające się pod względem wielkości, metapopulacje modraszków Maculinea (=Phengaris) teleius i M. (=Ph.) nausithous oraz miejsca licznego występowania czerwończyków Lycaena helle i Lycaena dispar oraz modraszka Maculinea alcon. Obejmuje najlepiej zbadane populacje tych motyli w Polsce i być może najliczniejsze w Europie.
W zachodnich enklawach tego obszaru znajdują się ponadto stanowiska skalnika Driady Minois dryas - motyla bardzo rzadkiego, zagrożonego wyginięciem na terenie Polski.
W obszarze znajduje się, położone na skraju zasięgu, stanowisko lipiennika Liparis loeselii, storczyka odnalezionego w tym rejonie, po ok. 100 latach.
Łąki Nowohuckie (PLH120069), objęte również ochroną jako użytek ekologiczny o powierzchni 59,75 ha, powstały na miejscu, dawnego koryta Wisły. Spotykamy tu ponad 10 zróżnicowanych zbiorowisk roślinnych. Są wśród nich zespoły naturalne: szuwary wysokich turzyc i część szuwarów trzcinowych, a także liczne, bogate zespoły półnaturalne np.: podmokła łąka z ostrożeniem łąkowym, świeża łąka z rajgrasem wyniosłym oraz szuwar z kosaćcem żółtym.
Teren pełni funkcje rekreacyjne (miejsce spacerów okolicznych mieszkańców) oraz ważne zaplecze dla zajęć z edukacji środowiskowej. Występują tutaj zwarte populacje czterech gatunków motyli wyszczególnionych w Załącznikach Dyrektywy Siedliskowej: modraszków Maculinea (=Phengaris) teleius i M. (=Ph.) nausithous, oraz czerwończyków Lycaena dispar i L. helle. W przypadku czerwończyka fioletka (L. helle) jest to najprawdopodobniej największa tak zwarta populacja w Europie. Wynika to z małej fragmentacji siedlisk tego motyla (łąk z rdestem wężownikiem) na tym obszarze. Obszar pełni ważną funkcję w zapewnieniu ciągłości siedlisk wymienionych motyli w skali Polski Południowej. Występują tu też cenne siedliska roślin i ptaków, związanych z siedliskami nieleśnymi.
Najmniejszym obszarem naturowym Krakowa (położonym w niewielkiej części także na terenie Gminy Skawina) jest Skawiński obszar łąkowy (PLH120079) o powierzchni 44,13 ha.
Niewielki obszar występowania czterech gatunków modraszków z Dyrektywy Siedliskowej, a także Maculinea alcon, związanych z siedliskami łąk wilgotnych i świeżych, w tym łąk trzęślicowych. Rola tego obszaru jest jednak znacząca jako elementu sieci obszarów chroniących biotopy tych gatunków i wzajemną sieć połączeń.
Więcej informacji na temat obszarów oraz mapy z przebiegiem ich granic znajdują się w Centralnym Rejestrze Form Ochrony Przyrody prowadzonym przez Generalną Dyrekcję Ochrony Środowiska.
Plany zadań ochronnych dla Obszarów Natura 2000 dostępne są na stronie Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Krakowie.