Na mocy ustawy z dnia 8 marca 1990 r. o samorządzie gminnym (Dz.U. 2024 poz. 609 - tekst jednolity) oraz ustawy z dnia 5 czerwca 1998 r. o samorządzie powiatowym (Dz.U. 2024 poz. 107 - tekst jednolity), w celu wykonywania zadań Gmina Miejska Kraków (jako miasto na prawach powiatu) może tworzyć jednostki organizacyjne. Jednocześnie, ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz.U. 2023 poz. 1270) definiuje formy organizacyjno-prawne jednostek sektora finansów publicznych, także w odniesieniu do jednostek samorządu terytorialnego. I tak:
jednostki budżetowe - to jednostki organizacyjne sektora finansów publicznych nieposiadające osobowości prawnej, które pokrywają swoje wydatki bezpośrednio z budżetu, a pobrane dochody odprowadzają na rachunek dochodów budżetu jednostki samorządu terytorialnego. Zaliczają się do nich: Urząd Miasta Krakowa, Zarząd Dróg Miasta Krakowa, Zarząd Transportu Publicznego w Krakowie, Miejskie Centrum Obsługi Oświaty, Miejski Ośrodek Pomocy Społecznej, Grodzki Urząd Pracy, Zarząd Budynków Komunalnych, Zarząd Infrastruktury Sportowej, Zarząd Zieleni Miejskiej, Zarząd Inwestycji Miejskich, Straż Miejska, domy pomocy społecznej, placówki oświatowe, żłobki, Miejskie Centrum Profilaktyki Uzależnień, Klimat-Energia-Gospodarka Wodna, Zarząd Cmentarzy Komunalnych.
samorządowe zakłady budżetowe - to jednostki organizacyjne sektora samorządowego, które odpłatnie wykonują wyodrębnione zadania i koszty swojej działalności pokrywają z przychodów własnych; ta forma organizacyjna może być stosowana do wykonywania wyliczonych w ustawie o finansach publicznych zadań własnych jednostki samorządu terytorialnego.
Na mocy odrębnych ustaw w ramach Gminy Miejskiej Kraków funkcjonują ponadto miejskie instytucje kultury (teatry, muzea, orkiestry, biblioteki, domy kultury i ośrodki kultury, galeria, biuro festiwalowe, centrum kultury) oraz zakłady opieki zdrowotnej (miejskie szpitale, Miejskie Centrum Opieki dla Osób Starszych, Przewlekle Niepełnosprawnych oraz Niesamodzielnych w Krakowie).