Wody powierzchniowe są ważnym elementem różnorodności krajobrazowej, decydują o funkcjonowaniu i bogactwie ekosystemów. Mają duże znaczenie społeczne. Stanowią źródło zaopatrzenia w wodę gospodarki komunalnej i wody używanej do celów przemysłowych. Ujęcia wody pitnej znajdują się na rzece Sance oraz na rzece Rudawie.
Charakterystyczna dla miasta Krakowa jest asymetria sieci hydrograficznej, której oś stanowi Wisła. Rzeka ta przepływa z zachodu na wschód, na długości 41,2 km, jednocześnie stanowi ona fragment południowo-wschodniej oraz niewielki południowo-zachodni fragment granicy miasta.
Do Wisły na terenie miasta uchodzi szereg jej dopływów:
Do lewobrzeżnych bezpośrednich dopływów Wisły w granicach Krakowa należą: Sanka, Rudawa, Białucha -Prądnik, Dłubnia, kanał Suchy Jar (Kanar), Potok Kościelnicki (Kościelnicki Stok).
Do prawobrzeżnych bezpośrednich dopływów Wisły w granicach miasta należą: Sidzinka, Potok Kostrzecki, Potok Pychowicki, Wilga, Serafa, Podłężanka.
Do mniejszych cieków wodnych na terenie miasta należą między innymi: Potok Olszanicki, Garliczka (Naramka), Bibiczanka, Sudół, Sudół Dominikański (Rozrywka), Baranówka (Luborzycki Potok), Burzowiec (Kanał Południe), Dopływ spod Kocmyrzowa, Łucjanówka (Struga Rusiecka), Dopływ spod Lasowic, Krzywica (Krzywa), Olszynka, Dopływ ze Swoszowic, Dopływ w Kurdwanowie, Rzewny (Urwisko), Drwina Długa, Drwinka, Rów Bieżanowski, Potok Malinówka, Zabawka (Potok Zabawka).
Istotnym elementem układu hydrograficznego miasta są zbiorniki wód stojących, zarówno naturalne jak i sztuczne, powstałe na skutek działalności człowieka, głównie związanej z eksploatacją surowców mineralnych, kruszyw. Zbiorniki te stanowią bardzo ważny element struktury przyrodniczej miasta - uczestniczą zarówno w kształtowaniu lokalnej bioróżnorodności i tworzeniu wartościowych siedlisk przyrodniczych, stanowią dogodne miejsce dla gniazdowania i lęgów ptactwa związanego ze środowiskiem wodnym. Bez wątpienia również mają duży wpływ na kształtowanie krajobrazu, często wykorzystywane są przez mieszkańców w celach rekreacyjnych, wędkarstwa.
Zbiorniki wodne znajdujące się na terenie miasta Krakowa to m.in.: Zakrzówek, Zesławice, Zalew Nowohucki, Staw Dąbski, Przylasek Rusiecki, Brzegi, Zalew Bagry, Staw Płaszowski, Stawy Bonarka, Kąty Tynieckie, Koło Tynieckie, Mydlniki - stawy hodowlane.
Ustawa z dnia 20 lipca 2017 r. Prawo wodne oraz ustawa z dnia 9 czerwca 2011 r. Prawo geologiczne i górnicze regulują gospodarowanie wodami podziemnymi zgodnie z zasadami zrównoważonego rozwoju, a w szczególności określają zasady i warunki ustalenia, kształtowania i ochrony zasobów wód podziemnych oraz zasady korzystania z wód podziemnych. Instrumentem zarządzania zasobami wodnymi są pozwolenia wodnoprawne na pobór wód podziemnych oraz koncesje na wydobywanie wód podziemnych zaliczonych solanek, wód leczniczych i termalnych.
Na obszarze miasta Krakowa wody podziemne występują w obrębie pięter wodonośnych: paleozoicznego i jurajskiego (spękane i skrasowiałe wapienie), kredowego (spękane margle i wapienie), trzeciorzędowego (piaskowce i piaski drobnoziarniste) oraz czwartorzędowego (piaski i żwiry). Dominującą rolę pod względem wodonośności odgrywają poziomy: jurajski, trzeciorzędowy piaszczysty (piaski bogucickie) i czwartorzędowy (plejstoceński).
Wody poziomu jurajskiego występują w różnych typach zbiorników utworzonych w spękanych, szczelinowatych i skrasowiałych wapieniach, pociętych systemem uskoków tworzących zręby i rowy tektoniczne, o utrudnionej lub wyraźnej więzi hydraulicznej. Strefę zasilania poziomu stanowi północny pas rozpatrywanego obszaru, gdzie poziom zwierciadła ciśnieniowego występuje na rzędnych 240-260 m npm. Strefę drenażu stanowią rowy i zręby jurajskie w centralnej i południowej części obszaru, gdzie zwierciadło wody stabilizuje się na rzędnych poniżej 220 m npm. W tej części obszaru wody jurajskie zasilają utwory czwartorzędowe i cieki powierzchniowe oraz poddawane są eksploatacji ( m.in. przez zdroje jurajskie). Strefa ta zbiega się z doliną Wisly.
W obrębie tego piętra wydziela się dwa główne poziomy wodonośne - neogeńskie:
Odrębny poziom paleogeński stanowią piaski wypełniające głębokie leje krasowe w wapieniach jury, z którymi związane są lecznicze wody siarczanowe „Matecznego” o składzie SO4-Cl-Na-Mg-Ca, H2S.
Głównym poziomem wodonośnym piętra czwartorzędowego jest poziom plejstoceński, występujący w kompleksie żwirowo – piaszczystym pradoliny Wisły. Wody tego poziomu posiadają zwierciadło o charakterze swobodnym, tylko niekiedy występują pod ciśnieniem. Naturalną podstawę drenażu omawianego poziomu stanowi rzeka Wisła i jej dopływy, zwłaszcza w dolnych odcinkach: Rudawa, Białucha, Dłubnia, Potok Kościelnicki i Wilga. Czwartorzędowe utwory wodonośne zasilane są bezpośrednio przez opady, poprzez infiltrację wód powierzchniowych (Wisła i dopływy) oraz z utworów jurajskich.
Wody podziemne zwykłe (słodkie), występują w obrębie jednostek hydrostratygraficznych tworząc użytkowe poziomy wód podziemnych (UPWP). Ich najbardziej zasobne fragmenty zostały zaliczone do głównych zbiorników wód podziemnych - GZWP.
Na obszarze Miasta Krakowa można wyróżnić fragmenty trzech głównych zbiorników wód podziemnych:
Dolina rzeki Wisły (GZWP Nr 450) czwartorzędowy zbiornik wód podziemnych o charakterze porowym w obrębie plejstoceńskich utworów piaszczysto żwirowych, obejmuje dolinę Wisły oraz jej dopływy w granicach Miasta Krakowa. Ujęcia wody bazujące na tym zbiorniku charakteryzują się zróżnicowaną głębokością (od kilkunastu do kilkudziesięciu metrów) oraz przeważnie większymi wydajnościami,
które nie są udokumentowane, a ich orientacyjny zasięg został wskazany w opracowaniu Kleczkowski A. S. i inni: „Mapa obszarów głównych zbiorników wód podziemnych (GZWP) w Polsce wymagających szczególnej ochrony, 1:500 000", AGH Kraków 1990,
Wody podziemne GZWP są generalnie dobrej jakości i mogą uzupełnić potrzeby Miasta. Wody poziomu czwartorzędowego ujmowane są dla potrzeb wodociągu miejskiego (ujęcie w Mistrzejowicach, składające się z trzech zespołów studni wierconych) oraz dla celów socjalno-bytowych Huty ArcelorMittal Poland S.A. (ujęcia tzw. „Pasa A” oraz „Pasa D”). Dla powyższych ujęć, rozporządzeniami Dyrektora Regionalnego Zarządu Gospodarki w Krakowie ustanowione zostały strefy ochronne, w których obowiązują ograniczenia, zakazy i nakazy wynikające wprost z ustawy Prawo wodne oraz z aktów prawa miejscowego.
Wody podziemne stanowią również źródło awaryjnego systemu zaopatrzenia Krakowa.
W skład tego systemu wchodzą studnie, które czerpią wodę z czwartorzędowego piętra wodonośnego oraz nieliczne ujęcia trzeciorzędowe i jurajskie (w tym źródła: przy ul. Cechowej, Tetmajera, Olszanickiej i Wądół).
Ponadto, wody podziemne stanowią źródło zaopatrzenia dla mieszkańców na peryferiach Miasta, gdzie brak jest sieci wodociągowej, jak również dla niektórych zakładów zlokalizowanych na terenie Krakowa.
Na terenie Bieżanowa znajdują się ujęcia wody pitnej dla wodociągu w Wieliczce (ujęcia poziomu trzeciorzędowego z tzw. piasków bogucickich).
Wody podziemne na obszarze Miasta Krakowa są słabo izolowane od powierzchni terenu, a zatem mało odporne na przenikanie zanieczyszczeń. Zagrożenie determinowane jest przede wszystkim sposobem zagospodarowania przestrzennego oraz stanem środowiska przyrodniczego. Skuteczna ochrona jakości i zasobów wód podziemnych stanowi jedno z najważniejszych zadań i problemów uwzględnianych przy sporządzaniu miejscowych planów zagospodarowania przestrzennego.