„Program Zdrowe Miasta” został wprowadzony przez Światową Organizację Zdrowia (WHO) w 1988 roku w celu realizacji, na poziomie lokalnym, strategii „Zdrowie dla wszystkich”, poprzez poprawę warunków zdrowotnych w miastach, ich stanu środowiska naturalnego i zdrowia mieszkańców.
Do Polski „Program Zdrowe Miasta” trafił na początku lat 90. W 1991 roku powstała Polska Sieć Zdrowych Miast, która dwa lata później przekształciła się w Stowarzyszenie Zdrowych Miast Polskich. W 2000 roku Światowa Organizacja Zdrowia oficjalnym certyfikatem potwierdziła, że Stowarzyszenie Zdrowych Miast Polskich spełnia wymogi stawiane przez WHO narodowym sieciom Zdrowych Miast w Europie.
Celem Stowarzyszenia jest wdrażanie zasad i strategii polityki zdrowia w kraju, regionach i gminach, aktywizowanie wspólnot samorządowych do wspólnego rozwiązywania problemów ochrony środowiska i zdrowia mieszkańców w regionach i gminach oraz rozwijanie i popieranie współpracy pomiędzy innymi miastami i sieciami krajowymi Zdrowych Miast na świecie.
W ramach zadań Stowarzyszenie inspiruje i wspiera programy lokalne miast członkowskich w zakresie ochrony zdrowia, rozwija współpracę między miastami i gminami położonymi w regionach o dużym zanieczyszczeniu środowiska naturalnego oraz współpracuje z instytucjami i organizacjami zajmującymi się problematyką zdrowotna i ekologiczną.
Uchwałą Nr CX/719/1994 Rady Miasta Krakowa z dnia 8 kwietnia 1994 roku Gmina Kraków przystąpiła do Stowarzyszenia Zdrowych Miast Polskich.
Przedstawicielem Krakowa w Stowarzyszeniu Zdrowych Miast Polskich jest Pani Maria Piętak-Frączek z Wydziału Polityki Społecznej i Zdrowia, która jest jednocześnie Prezesem Zarządu Stowarzyszenia.
Składka członkowska Gminy Miejskiej Kraków na 2023 rok wynosi 7.500 zł (Uchwała Nr 7/2003 Walnego Zgromadzenia Stowarzyszenia Zdrowych Miast Polskich z dnia 14 lutego 2003 roku w sprawie wysokości składki członkowskiej Stowarzyszenia Zdrowych Miast Polskich).