Głównym celem przekształceń i rozwoju oraz funkcjonowania systemu transportu Krakowa jest stworzenie warunków dla sprawniejszego i bezpieczniejszego przemieszczania osób i towarów, przy spełnieniu wymogów ograniczenia uciążliwości transportu dla środowiska, a przez to poprawa dostępności komunikacyjnej w obrębie miasta oraz z terenów obszaru metropolitalnego, województwa i kraju. Eksploatacja, modernizacja i rozwój systemu transportu powinny służyć stymulowaniu rozwoju gospodarczego (w tym wspieraniu tworzenia nowych miejsc pracy i aktywizacji inwestycyjnej) kształtowaniu ładu przestrzennego, ochronie dziedzictwa kulturowego, poprawie wizerunku Krakowa i umacnianiu jego funkcji metropolitalnych oraz zmniejszeniu zróżnicowań w rozwoju i jakości życia w poszczególnych obszarach miasta.
Zgodnie z zapisami Strategii Rozwoju Krakowa przyszły Kraków będzie miastem tworzącym z otaczającymi gminami i powiatami duży organizm metropolitalny, wspólnie współpracujący w zakresie infrastruktury i inwestycji, dzięki czemu mieszkańcy będą mieli stabilny dostęp do nowoczesnej infrastruktury.