W granicach miasta znajduje się pięć rezerwatów przyrody:
Bielańskie Skałki
Rezerwat florystyczny, ścisły, o powierzchni 1,73 ha; został założony 1950 roku w celu ochrony muraw kserotermicznych. W jego obrębie można obserwować spontaniczne procesy sukcesji biocenoz leśnych na skalistym, bezleśnym wcześniej terenie. Rezerwat znajduje się na południowych stokach Lasu Wolskiego, w południowo-wschodniej części Pasma Sowińca, w pobliżu Klasztoru Kamedułów na Bielanach.
Bonarka
Rezerwat przyrody nieożywionej, założony w 1961 roku, zajmuje powierzchnię 2,29 ha, położony jest w jednej z cenniejszych pod względem krajobrazowym i przyrodniczym części miasta. Umiejscowiony jest tam kopiec Krakusa, cmentarz Podgórski, kamieniołom "Liban", a w przeszłości istniał tam założony przez Niemców obóz Płaszów. Można tam zobaczyć między innymi: uskoki geologiczno - tektoniczne, powierzchnie abrazyjne oraz odsłonięte utwory jurajskie, kredowe i trzeciorzędowe.
Panieńskie Skały
Rezerwat leśny i krajobrazowy o powierzchni 6,41 ha, założony został w 1953 roku. Znajduje się w północnej części Pasma Sowińca na terenie Lasu Wolskiego, od strony Woli Justowskiej. Przedmiotem ochrony jest wąwóz jurajski z wychodniami skał wapiennych oraz naturalny las bukowy i grądowy.
Skałki Przegorzalskie
Rezerwat florystyczny, ścisły, o powierzchni 1,38 ha, został założony w 1959 r. Usytuowany jest na skraju Lasu Wolskiego od strony Przegorzał na terenie wyraźnego grzbietu ze skałkami. Przedmiotwem ochrony rezerwatowej jest skała z roślinnością kserotermiczną Rośnie tam też las mieszany z przewagą dębu i krzewów ciepłolubnych.
Skołczanka
Stepowy rezerwat faunistyczny, o powierzchni 36,52 ha utworzony w 1957 roku, objęty jest ochroną częściową. Położony jest w północnej części kompleksu leśnego Uroczysko Tyniec. Przedmiotem ochrony jest wzgórze wapienne ze zróżnicowanymi biocenozami, stanowisko fauny środowisk kserotermicznych (około 500 gatunków rzadkich motyli i błonkówek). Występuje tam także las sosnowo-jodłowo-bukowy.
Więcej informacji na stronie Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Krakowie: https://www.gov.pl/web/rdos-krakow
Na terenie Krakowa znajdują się fragmenty trzech parków krajobrazowych: Bielańsko-Tynieckiego, Tenczyńskiego i Dolinki Krakowskie o łącznej pow. 4753,22 ha
Bielańsko-Tyniecki Park Krajobrazowy
Na terenie Krakowa znajduje się część Bielańsko-Tynieckiego Parku Krajobrazowego i jego otuliny. Park jest częścią Zespołu Jurajskich Parków Krajobrazowych chroniącego najcenniejsze fragmenty Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej. Park zajmuje powierzchnię 6359,1 ha. Obejmuje on malowniczy fragment doliny Wisły powyżej Krakowa. Główna część parku obejmuje Pasmo Sowińca, położone w widłach rzek Wisły i Rudawy, na wysokości ok. 150 m ponad poziomem Rynku Głównego w Krakowie, dochodząc od zachodnich granic miasta do śródmieścia (dł. ok. 9 km i szer. 1,5-3 km). Na terenie parku krajobrazowego znajdują się liczne pomniki i rezerwaty przyrody oraz obiekty zabytkowe.
Tenczyński Park Krajobrazowy
Park obejmuje pasmo Grzbietu Tenczyńskiego oraz część Rowu Krzeszowickiego, zajmując powierzchnię 13658,1 ha. Krajobraz parku jest bardzo zróżnicowany. Znajdują się tu m.in. liczne ostańce, wapienie górnojurajskie podlegające procesom krasowym, niewielkie jaskinie i paleozoiczne twarde skały pochodzenia wulkanicznego. Występują tu także liczne tereny bagienne. Około 35% powierzchni parku zajmują lasy. Występują takie zbiorowiska jak: buczyna karpacka, bory mieszane sosnowo-dębowe, łęgi olszowe oraz lasy grądowe z przewagą buka, dębu i jaworu bory sosnowe. Na terenie parku występują takie gatunki roślin chronionych jak: rojnik pospolity, tojad mołdawski, bluszcz, lilia złotogłów, marzanka wonna, parzydło leśne, rosiczka okrągłolistna, barwinek pospolity i skrzyp olbrzymi; oraz zwierząt: łoś, krogulec, płomykówka, myszołów zwyczajny, czajka, derkacz i żółw błotny. Do ciekawszych zabytków architektury znajdujących się na terenie parku należą: ruiny zamku Lipowiec w Babicach, ruiny zamku Tenczyn w Rudnie, barokowe kościoły w Tenczynku i Morawicy, cztery poaustriackie forty znajdujące się w okolicach Krakowa oraz zespół pałacowy w Balicach.
Park Krajobrazowy Dolinki Krakowskie
Park zajmuje powierzchnię 20686,1 ha. Zajmuje obszar Wyżyny Olkuskiej i ciągnie się aż do Rowu Krzeszowickiego. Składa się z jarowych dolin położonych na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej. Park poprzecinany jest potokami i licznymi dolinami z formami rzeźby krasowej. Liczne, znajdujące się na terenie parku szlaki i ścieżki turystyczne zapewniają oprócz możliwości, oglądania przyrody, również spotkanie z historią (na obszarze Jury, szczególnie w wieku XIV, powstały liczne zamki i warownie, z których większość stanowi dziś wkomponowane w krajobraz ruiny). Liczne skałki i ostańce wapienne stwarzają również dogodne warunki do uprawiania wspinaczki.
Więcej informacji na stronie Zespołu Parków Krajobrazowych Województwa Małopolskiego: http://www.zpkwm.pl/