Na terenie Miasta Kraków znajduje się 17 użytków ekologicznych:
Użytek ekologiczny „Zakrzówek”. Użytek ekologiczny o powierzchni 17,50 ha, położony w Krakowie na nieruchomościach oznaczonych jako działki ewidencyjne: 259/1, 207/27, 257/1, 207/28, 258, 256, 255, 254/3, 254/2, 253, 252/1, 251/4, 251/2, 251/5, 251/6, 246, 247/1, 247/2 248/1, 248/2, 249/1, 249/2, 250/1, 250/2, 250/3, 250/5, 250/6, 207/8, 206, 207/39, 207/40, 207/19, 207/18, 207/35, 207/36, 207/37, 207/38, 207/24, 207/25, 207/7, 207/6, 207/5, 207/4, 207/3, 189/3, 189/4, 189/1, 189/5, 188, 187, 186, 185/2, 185/1, 289/4, 289/3, 184/1, 183/1, 184/2, 183/2, 182/1, 182/2, 181/2, 181/1, 180/1, 180/2, 179, 178, 304/7, 304/6, 304/5, 304/4, 304/3, 152 obręb 9 jednostka ewidencyjna Kraków – Podgórze. Celem ustanowienia użytku ekologicznego „ Zakrzówek” jest ochrona mających znaczenie dla zachowania różnorodności biologicznej - siedlisk przyrodniczych oraz stanowisk rzadkich lub chronionych gatunków roślin i zwierząt, ich ostoi oraz miejsc rozmnażania lub miejsc sezonowego przebywania. UCHWAŁA NR CXI/2916/18 RADY MIASTA KRAKOWA z dnia 26 września 2018 roku w sprawie ustanowienia użytku ekologicznego „Zakrzówek”
Użytek ekologiczny „Łąki na Klinach”. Użytek ekologiczny o powierzchni 5,82 ha, położony w Krakowie na nieruchomościach oznaczonych jako części działek ewidencyjnych nr: 111/29, 111/31 obr. 70, 58/5, 73/35, 259/338, 259/342, 259/343, 259/344 obr. 86, 96/378 obr. 69 jednostka ewidencyjna Kraków – Podgórze. Celem ustanowienia użytku jest zachowanie ekosystemu łąkowego oraz zbiorowisk zaroślowych, szuwarowych i drzewostanów stanowiących siedlisko i ostoję chronionych gatunków roślin i zwierząt. UCHWAŁA NR LXXV/2081/21 RADY MIASTA KRAKOWA z dnia 15 grudnia 2021 r. w sprawie ustanowienia użytku ekologicznego ''Łąki na Klinach''.
Użytek ekologiczny "Kamieniołom Libana”. Użytek ekologiczny o powierzchni 14,82 ha, położony w Krakowie na nieruchomościach oznaczonych jako części działek ewidencyjnych nr: 9, 10/2, 11/4, 96/2, 97/2 119/11, 147/1 obr 29 jednostka ewidencyjna Kraków- Podgórze. Celem ustanowienia użytku ekologicznego „Kamieniołom Libana” jest ochrona mozaiki ekosystemów samorzutnie wykształconych w dawnym kamieniołomie wapieni, ze szczególnym uwzględnieniem siedlisk przyrodniczych ze stanowiskami rzadkich lub chronionych gatunków zwierząt związanych ze środowiskiem wodnym oraz murawami kserotermicznymi, ich ostoi oraz miejsc rozmnażania, sezonowego przebywania. UCHWAŁA NR XCIII/2557/22 RADY MIASTA KRAKOWA z dnia 31 sierpnia 2022 r. w sprawie użytku ekologicznego ''Kamieniołom Libana''