Do zakresu działania Wydziału Budżetu Miasta należą sprawy przygotowania projektu budżetu Miasta, projektu Wielolentniej Prognozy Finansowej, ich zmian, zadłużenia Miasta, prowadzenie księgowości finansowej, ewidencji i sprawozdawczości budżetu Miasta oraz sprawy związane z centralizacją rozliczeń podatku VAT w ramach Gminy Miejskiej Kraków.