Do zakresu działania Stanowiska ds. Nadzoru nad Miejskimi Jednostkami Organizacyjnymi (GK-01) należy nadzór organizacyjny i merytoryczny nad miejskimi jednostkami organizacyjnymi: Zarządem Inwestycji Miejskich, Zarządem Cmentarzy Komunalnych, Zarządem Dróg Miasta Krakowa, Zarządem Transportu Publicznego, Zarządem Infrastruktury Wodnej, który obejmuje nadzór w odniesieniu do gospodarki finansowej, działalności merytorycznej, w szczególności w stosunku do założeń zawartych w przyjętych politykach, programach, strategiach, a także nadzór nad polityką kadrową. Referat prowadzi wsparcie Dyrektora Departamentu Komunalnego w relacjach i kontaktach z miejskimi jednostkami organizacyjnymi (dalej MJO).
Nadzór realizowany jest m.in. poprzez: