Do zakresu działania Referatu Rozliczeń Dotowanych Zadań (WS-15-3) należą sprawy z zakresu rozliczeń zadań, dla których udzielano dotacji w ramach programów realizowanych przez Wydział, w szczególności:
opracowywanie projektów aktów normatywnych (m.in. uchwał, zarządzeń) związanych z kontrolą prawidłowości wykonywania zadań dotacyjnych;
współpraca w zakresie opracowywania projektów aktów normatywnych (m.in. uchwał, zarządzeń) związanych z rozliczaniem dotacji celowych;
współpraca z Referatem Pozyskiwania i Rozliczania Środków Zewnętrznych w zakresie prawidłowości przygotowania dokumentacji niezbędnej do rozliczenia zadań finansowanych ze środków zewnętrznych;
rozliczenie merytoryczne i finansowe wykonania zadań dotacyjnych, w tym weryfikacja formalna i finansowa przyjętych wniosków o rozliczenie dotacji oraz akceptacja poniesionych kosztów, bądź odmowa wypłaty dotacji;
przeprowadzanie postępowań administracyjnych w sprawie zwrotu dotacji oraz wydawanie decyzji administracyjnych o zwrocie dotacji zgodnie z art. 252 ustawy o finansach publicznych;
opracowywanie sprawozdań merytorycznych z realizacji zadań dotacyjnych, w tym ustalanie efektu ekologicznego;
uzupełnianie i aktualizacja bazy Inwentaryzacji Źródeł Niskiej Emisji Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego;
udział w zadaniach dotyczących Centralnej Ewidencji Emisyjności Budynków.