Do zakresu działania Referatu Kontroli Dotacji (CA – 09) należy:
opracowywanie rocznego planu kontroli szkół i oświatowych placówek publicznych oraz niepublicznych, prowadzonych przez osoby fizyczne lub osoby prawne inne niż Gmina Miejska Kraków;
opracowanie rocznego planu kontroli niepublicznych żłobków, klubów dziecięcych oraz dziennych opiekunów w zakresie pobrania i wykorzystania dotacji;
współpraca z wydziałami merytorycznie odpowiedzialnymi za udzielanie dotacji w zakresie opracowania planów, o których mowa w pkt. 1 i 2;
prowadzenie kontroli prawidłowości pobrania dotacji udzielanych podmiotom wymienionym w pkt. 1 i 2;
prowadzenie kontroli prawidłowości wykorzystania dotacji podmiotom wymienionym w pkt. 1 i 2;
przygotowanie projektów wystąpień pokontrolnych, będących wynikiem prowadzonych w Referacie postępowań kontrolnych;
opracowywanie projektów wniosków lub zawiadomień do organów ścigania w przypadku, gdy wyniki kontroli uzasadniają podejrzenie popełnienia przestępstwa oraz formułowanie wymaganych przepisami prawa zawiadomień m.in. do Rzecznika Dyscypliny Finansów Publicznych w przypadkach stwierdzenia naruszenia dyscypliny finansów publicznych w kontrolowanych podmiotach;
monitorowanie terminowego przekazania przez podmiot kontrolowany informacji o realizacji zaleceń pokontrolnych, będących wynikiem prowadzonych w Referacie postępowań;
współpraca z wydziałami merytorycznie odpowiedzialnymi za udzielanie dotacji podmiotom wymienionym w pkt. 1 i 2 w zakresie udostępnienia dokumentów i informacji związanych z wynikami przeprowadzonych kontroli, w celu ewentualnego podejmowania przez te wydziały dalszych czynności lub postępowań na podstawie właściwych przepisów prawa;
wykonywanie innych zadań zleconych przez Prezydenta Miasta Krakowa.