Do zakresu działania Centrum Audytu i Kontroli Analitycznej należą sprawy przeprowadzania analiz, audytów wewnętrznych oraz kontroli wewnętrznych, w szczególności w Urzędzie Miasta Krakowa, jednostkach organizacyjnych Miasta, instytucjach kultury, dla których organizatorem jest Miasto oraz szpitalach i spółkach Miasta. Ponadto Centrum przeprowadza kontrole prawidłowości pobrania i wykorzystania dotacji przez niesamorządowe placówki oświatowe, żłobki, kluby dziecięce oraz dziennych opiekunów, weryfikuje otrzymane od Wydziałów wnioski kierowane do Rzecznika Dyscypliny Finansów Publicznych oraz realizuje zadania w zakresie kontroli przestrzegania przepisów ustawy o przeciwdziałaniu zagrożeniom przestępczością na tle seksualnym i ochronie małoletnich.