Do zakresu działania Wydziału ds. Przedsiębiorczości i Innowacji należą sprawy związane z rewitalizacją, regeneracją targowisk, obsługą inwestora, ewidencją i obsługą przedsiębiorców, wspieraniem przedsiębiorczości, współpracą ze środowiskami naukowo-akademickimi oraz innowacyjnymi. Wydział pełni rolę Operatora Klastra Innowacji Społeczno-Gospodarczych Zabłocie 20.22. Wydział jest jednostką pomocniczą dla I Zastępcy Prezydenta Miasta Krakowa pełniącego nadzór nad Grodzkim Urzędem Pracy w Krakowie oraz realizuje zadania związane z nadzorem nad spółką Centrum Giełdowym Balicka zgodnie z zakresem określonym w obowiązującym zarządzeniu Prezydenta Miasta Krakowa w sprawie "Zasad nadzoru nad spółkami z wpływem Gminy Miejskiej Kraków". W strukturze Wydziału funkcjonują Pełnomocnik Prezydenta Miasta Krakowa ds. Współpracy ze Środowiskiem Biznesowym oraz Pełnomocnik Prezydenta Miasta Krakowa ds. Współpracy ze Środowiskiem Naukowo-Akademickim podlegli bezpośrednio Prezydentowi Miasta Krakowa.
Szczegółowy zakres zadań wydziału określa Zarządzenie Nr 2775/2025 Prezydenta Miasta Krakowa z dnia 24 listopada 2025 r. w sprawie podziału na wewnętrzne komórki organizacyjne oraz szczegółowego zakresu działania Wydziału ds. Przedsiębiorczości i Innowacji