Celem działania Instytutu jest prowadzenie działalności kulturalnej, w szczególności podejmowanie działań służących upowszechnianiu, zachowaniu oraz promocji dziedzictwa kulturowego i kultury współczesnej.

Instytut będzie wspierał Miasto na forum międzynarodowym w zakresie ochrony i zarządzania dziedzictwem narodowym oraz w działaniach związanych z przynależnością Krakowa do takich organizacji jak m.in.: Sieć Miast Kreatywnych UNESCO, Organizacja Miast Dziedzictwa Światowego OWHC, Międzynarodowa Sieć Miast Schronienia (ICORN), Liga Polskich Miast i Miejsc UNESCO. Działalność Instytutu Kultury Willa Decjusza nawiązywać będzie do prowadzonej w poprzednich latach przez Stowarzyszenie Willa Decjusza działalności w ramach Akademii Europejskiej, szczególnie w zakresie kultywowania humanistycznego dziedzictwa Renesansu, realizacji wieloletnich międzynarodowych programów rezydencji literackich oraz letnich akademii (w tym m.in. Letniej Szkoły Wyszehradzkiej oraz Write the Game – Szkoły Letniej Scenariuszy Gier Komputerowych). Kontynuowane będą także wcześniejsze działania Stowarzyszenia związane z ochroną praw człowieka w tym stypendia dla prześladowanych pisarzy i obrońców praw człowieka.

Stworzenie instytucji kultury w zabytkowym kompleksie pałacowym jest zgodnie z treścią uchwały Nr LIV/376/92 RMK Rady Miasta Krakowa z dnia 12 czerwca 1992 roku, która postanawiała o przeznaczeniu Pałacu Decjusza wraz z terenami parkowymi na cele kulturalne i naukowe. Dzięki finansowemu i instytucjonalnemu wsparciu samorządu krakowskiego unikalny zabytkowy obiekt Willi będzie mógł dalej nieprzerwanie służyć Miastu i jego Mieszkańcom. Krakowianie będą mogli skorzystać z bogatej oferty edukacyjnej i artystycznej łączącej różne dziedziny kultury, a międzynarodowi goście mogą liczyć na gościnę w ramach artystycznych i literackich programów rezydencjalnych – a wszystko to w podwojach zabytkowego Pałacu Decjusza.