Do zakresu działania Wydziału Organizacji i Nadzoru należą sprawy organizacji i funkcjonowania Magistratu oraz kadrowe pracowników Magistratu i kierowników miejskich jednostek organizacyjnych; w jego strukturze funkcjonuje także Inspektor Ochrony Danych, o którym mowa w przepisach o ochronie danych osobowych, podległy bezpośrednio Prezydentowi. Wydział zajmuje się rozpatrywaniem skarg, wniosków i petycji.
Zobacz też: Telefony kontaktowe w sprawach załatwianych w Urzędzie Miasta Krakowa